Doctorado en Ciencias para el Desarrollo Sustentable

Las cucurbitáceas están en la canasta básica familiar de las comunidades andinas y de ceja de selva de la región Amazonas, en donde se cultivan una serie de cucurbitáceas con características únicas de esta región, donde estos tienen fortalezas como debilidades. En estos últimos años se han ido recuperando muchos cultivos cucurbitáceos mostrándose en estos, diversos problemas sanitarios dentro de los cuales, con algunos síntomas aparentemente ocasionados por virus. El diagnóstico eficiente y preciso de los patógenos virales es fundamental para el manejo de estas enfermedades. Los avances recientes en la tecnología de secuenciación han revolucionado la investigación de virus vegetales. La tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS), ha mejorado enormemente el diagnóstico de virus debido a su alta sensibilidad, alto rendimiento y no dependencia de la secuencia. Sin embargo, los protocolos de identificación de virus basados en NGS están limitados por su alto costo, mano de obra intensiva y equipos voluminosos. En los últimos años, los avances en la tecnología de secuenciación de tercera generación han permitido la secuenciación directa en tiempo real de lecturas largas de ADN o ARN. Oxford Nanopore Technologies exhibe versatilidad en la detección de virus de plantas a través de sus secuenciadores portátiles y análisis de datos flexibles, por lo que se utilizan ampliamente en la vigilancia de virus de plantas, la identificación de nuevos virus, el ensamblaje del genoma viral y la investigación de la evolución de virus. En este trabajo se pretende elaborar el viroma de cucurbitáceas nativas en la región Amazonas mediante la secuenciación de tercera generación basado en nanoporos. Para esto primero colectaremos muestras con síntomas de enfermedades ocasionadas por virus, como amarillamientos, mosaicos, deformaciones, etc., de los cultivos de cucurbitáceas de la región Amazonas. Luego, aislaremos el ADN y ARN total de las muestras para obtener las secuencias genómicas de los virus que estén en las muestras de los cultivos de cucurbitáceas nativas de la región Amazonas, para posteriormente identificar los virus conocidos, desconocidos y sus variantes. La reconstrucción del genoma de los virus se realizará con programas de bioinformática, y la herramienta BLAST que compara las secuencias ensambladas con la base de datos disponible para reconocer la estructura genética de los virus de los cultivos analizados. De esta forma se identificarán los virus, cuya información se presentará organizada en un cuadro que permite mapear todos los virus que afectan a las muestras, conocer su prevalencia, y entender su variabilidad genética. Finalmente se creará una base de datos de las secuencias genómicas de los virus que infectan los principales cultivos de cucurbitáceas de importancia agrícola de la región Amazonas. Con este estudio básico se espera sentar las bases para el mejoramiento genético de cucurbitáceas nativas y naturalizadas, y la preservación de las cucurbitáceas endémicas.

USQUIZA CRUZ ,EISEN CARLOS