Evaluando el establecimiento temprano de la microbiota intestinal en crías de alpacas, derivada de la microbiota materna.

La diarrea es una de las causas más comunes de morbilidad y mortalidad en crías de alpacas, especialmente durante los primeros 30 días de vida. El alto riesgo de colonización por patógenos en crías proviene de su intestino subdesarrollado y su microbiota intestinal. Además, la disbiosis de la microbiota inducida por ciertos factores como antibióticos y enfermedades también puede reducir la resistencia y aumentar la infección por patógenos entéricos. La composición temprana y la diversidad de la microbiota intestinal están influenciadas por la microbiota materna. La investigación se centrará en caracterizar la microbiota de diferentes nichos de alpacas madres (heces, saliva y calostro) y la dinámica del establecimiento temprano de la microbiota intestinal en crías de alpacas, y evaluar su asociación con la presentación de diarrea neonatal. El estudio plantea la hipótesis que las alteraciones en el establecimiento temprano de la microbiota intestinal en crías de alpacas durante sus primeros 35 días de edad, derivada por la transmisión de la microbiota materna, se asocian con mayor riesgo de diarrea. Se empleará un diseño longitudinal, muestreando 30 alpacas y sus crías (n=30). Se recolectarán muestras de heces, saliva y calostro/leche de las madres y muestras de heces de las crías los días 0, 1, 3, 5, 7, 14, 21, 28 y 35 posteriores al parto, para perfilar la microbiota intestinal utilizando secuenciación de ARN ribosomal 16S de alto rendimiento (Oxford Nanopore), complementada con análisis bioinformáticos utilizando Shannon, Bray-Curtis y otras herramientas para evaluar la diversidad alfa y beta, y se compararán los grupos mediante PERMANOVA. El análisis estadístico integrará metadatos ambientales, como dieta, hábitat y salud del animal, para evaluar factores específicos. Los resultados ofrecerán información clave para entender el papel de la microbiota materna en el desarrollo de la microbiota neonatal y su asociación con la presentación de diarrea. Este enfoque combina salud animal, genética, ecología y microbiología, generando conocimientos relevantes para la conservación, el bienestar animal y la estabilidad del ecosistema. Al conocer mejor el papel de la microbiota en alpacas, el proyecto sentará bases para el manejo sostenible para el complejo entérico neonatal en alpacas.