Desarrollo de un sistema integrado de vigilancia genómico para virus respiratorios de potencial pandémico

La pandemia de COVID-19 ha resaltado la importancia de contar con sistemas robustos de vigilancia genómica de patógenos en América Latina. Ante la emergencia de nuevos virus respiratorios, incluyendo los recientes brotes de influenza aviar en Perú, existe una necesidad urgente de desarrollar plataformas de vigilancia que puedan identificar rápidamente patógenos de potencial pandémico. La creciente interacción entre humanos y animales, exacerbada por factores como la urbanización, el cambio climático y el crecimiento poblacional, ha aumentado el riesgo de transmisión de patógenos zoonóticos. Estos factores, combinados con la limitada infraestructura actual para la vigilancia genómica en Perú, crean un entorno propicio para la aparición y rápida propagación de enfermedades infecciosas. Existe una necesidad crítica de mejorar las capacidades locales para la identificación y monitoreo de patógenos respiratorios emergentes. Hipótesis: El uso de métodos basados en secuenciación de nueva generación (NGS) y análisis bioinformático en la nube permite la detección temprana y la caracterización de nuevos genotipos de patógenos respiratorios en Perú. La metodología incluirá la estandarización de protocolos de extracción, secuenciación metagenómica (mNGS) rápida, análisis bioinformático, la capacitación de personal, y la transferencia de conocimientos a instituciones públicas peruanas. El objetivo general es desarrollar una plataforma integrada de secuenciamiento y análisis clínico adaptada al entorno peruano para su posterior transferencia a institutos públicos nacionales de investigación, así como potenciar la actual red universitaria de vigilancia genómica COVID-19 para establecer la metodología mNGS en laboratorios de Lima y Amazonas para la detección de patógenos respiratorios de potencial pandémico. Los objetivos específicos son: Estandarizar metodologías de extracción, secuenciación y análisis bioinformático de virus respiratorios a partir de muestras clínicas; monitorear patógenos respiratorios circulantes selectos en Lima y Amazonas en 2024-2025; y desarrollar una plataforma comercial de secuenciamiento metagenómico y análisis bioinformático. Los resultados esperados son desarrollar una metodología de mNGS, secuenciación multi-patógeno del RVI y plataforma CZID desarrollada, implementada e integrada para muestras de pacientes respiratorios de Lima y Amazonas; secuenciar genomas de virus respiratorios secuenciados (100 de Amazonas y 100 de Lima) y estandarizar protocolos de laboratorio y de análisis bioinformáticos para la detección de patógenos respiratorios de potencial pandémico transferido a al menos una entidad pública; para fortalecer la Red Peruana Universitaria de Vigilancia Genómica COVID-19 en la metodología mNGS. Asimismo, los resultados bibliográficos esperados son: 2 tesis de maestría presentadas para sustentación; 2 artículos aceptados en revistas indizadas en Scopus o WoS; 1 ponencia internacional. Con los resultados del proyecto, se espera contribuir significativamente a la capacidad de Perú para responder a futuras amenazas de virus respiratorios. Al mejorar la infraestructura de vigilancia genómica y capacitar a personal local en tecnologías avanzadas, se fortalecerá la salud pública del país.