Implementación de un sistema muestra resultado y secuenciación de próxima generación para la identificación de etiologías causantes del síndrome febril indiferenciado en la Amazonía peruana.

En los trópicos, cerca del 50% de los pacientes con enfermedad febril aguda indiferenciada, conocido también como síndrome febril indiferenciado (SFI), no son diagnosticados. El diagnóstico diferencial, importante para orientar el tratamiento y la gestión de los casos, se ve dificultado por varios factores, como: i) la amplia variedad de patógenos conocidos o no que causan el SFI, ii) la gran variedad de síntomas que se solapan, lo que hace que los diagnósticos clínicos sean poco fiables, iii) la sinergia epidemiológica entre vectores compartidos y la distribución geográfica de las etiologías, y, iv) la limitada capacidad de los laboratorios. Hasta la fecha, los enfoques utilizados para la identificación de las etiologías del SFI se basan principalmente en pruebas específicas para unos pocos patógenos (malaria, dengue). Para aliviar estos problemas, planteamos como objetivos la implementación de: (1) un sistema de diagnóstico molecular “muestra a resultado” ARIES de Luminex con un protocolo multiplex para dengue, Zika, chikungunya, y fiebre amarilla; y, (2) de la secuenciación metagenómica (mNGS) en la plataforma minION de Oxford Nanopore utilizando un enfoque metagenómico no dirigido, para investigar virus causantes de fiebre en muestras de pacientes con SFI procedentes de Yurimaguas e Iquitos. Este estudio permitiría crear los conocimientos técnicos y la infraestructura necesarios para implementar una vigilancia molecular y genómica de patógenos causantes del SFI, incluido el virus del dengue. Los datos generados ayudarán a refinar el armamento de diagnóstico en áreas endémicas de la Amazonía peruana. El análisis de las secuencias genómicas de esos patógenos permitirá caracterizar los virus identificados (identificar genotipos circulantes, coinfecciones, mutaciones) y responder a preguntas epidemiológicas específicas (propagación, origen, fuente), así como la posible implicación de la evolución viral en la gravedad, resistencia y transmisibilidad de la enfermedad.