VIRSEQ: Descifrando el enigmático mundo de viroma del cacao nativo y el café, mediante High Throughput Sequencing HTS y herramientas bioinformáticas

Perú es un importante productor de cacao y café orgánico en el mundo, esto ha ido incrementando en los últimos años debido a la alta demanda a nivel mundial. Sin embargo, los problemas fitosanitarios son una limitante en la producción, actualmente no existe información sobre investigaciones en virus en Perú para el cacao y el café. El cacao (Theobroma cacao) y el café (Coffea arabica) son de los cultivos tropicales más importantes del Perú, sin embargo, hay varios aspectos de la producción como la sanidad vegetal que están poco documentados en especial los virus fitopatógenos, que pueden estar afectando en la producción de estos cultivos. Hipótesis: Se hipotetiza que el cacao peruano esta siendo infectado por virus del genero Badnavirus, dicho genero es el que causa grandes pérdidas económicas en otras zonas productoras del mundo, especialmente África. La metodología de tipo exploratoria, se va emplear es secuenciamiento del ARN total a partir de muestras sintomáticas, luego a partir de los lecturas provenientes de la metagenómica se ensamblarán los genomas de los virus presentes en cada muestra, usando el software CLC Genomics y USDA Pytophype worflow para detección de patógenos. El objetivo principal es realizar prospección de virus, viroides mediante técnicas de secuenciamiento de última generación en los cultivos de café y cacao de la región Amazonas. Los objetivos específicos son: Identificar y caracterizar el viroma del cacao y el café, a través de la secuenciación masiva, diseñar y validar protocolos de PCR para la detección de virus y viroides en cacao, prospectar la incidencia de virus detectados en parcelas de cacao y café en zonas productoras. Los resultados esperados son confirmar o descartar la presencia de virus del genero Badnavirus, la existencia de nuevos virus , y así también revelar su incidencia de los virus encontrados en todas las principales zonas productoras del cultivo de café y cacao de Amazonas Perú, además, con el proyecto se va a generar 1 tesis de postgrado, y los resultados se van a difundir en 1 articulo en una revista indizada y en 1 ponencia de alcance nacional. Este estudio ayudara a tener un panorama más claro en la fitosanidad en los cultivos de café y cacao, para tomar mejores decisiones durante el manejo integrado en el futuro, este estudio también abre nuevas líneas de investigación enfocado en la virología vegetal, sentando bases para la búsqueda de vectores, malezas hospedantes. En un futuro lo que se espera es realizar saneamiento de estos cultivos para instalar bancos de germoplasmas libre de virus.