Análisis del viroma de la vid en la costa peruana mediante el secuenciamiento de nueva generación (NGS) y ensamblaje de pequeños ARN como herramienta para la detección rápida de enfermedades virales

La vid es una de las especies más cultivadas en el mundo y la costa peruana ofrece condiciones favorables para su cultivo, lo cual se traduce en miles de hectáreas destinadas para agroexportación de uva de mesa y para la industria vitivinícola. No obstante, es hospedante de numerosos patógenos, entre los que destacan diversos virus responsables de enfermedades severas y, por tanto, de importantes pérdidas económicas. Frente a este problema creciente por el cambio climático y dado que los métodos de diagnóstico rutinario sólo pueden detectar virus conocidos, se hace necesario desarrollar métodos de diagnóstico de amplio espectro que permitan detectar virus aún no caracterizados. Ante este escenario, el presente proyecto se realizará con el fin de conseguir un mayor entendimiento de la diversidad de los virus de la vid, para facilitar el control de enfermedades virales establecidas, emergentes y exóticas, y así permitir una respuesta integral rápida y fiable a los riesgos que enfrenta el Perú por el calentamiento global. Para ello, la metodología plantea la colecta de muestras de vid de al menos 3 regiones costeras del Perú, posterior secuenciamiento del viroma mediante tecnología de última generación (NGS) y análisis bioinformático para identificar las secuencias virales presentes. En este sentido, como objetivo general se pretende determinar la diversidad y distribución de los virus que afectan a la vid en Perú utilizando herramientas de secuenciamiento de última generación (NGS). Para cumplir este objetivo se plantean los siguientes objetivos específicos: (i) Obtener secuencias virales (viroma) de la vid en principales departamentos productores de uva para agroexportación/vino/pisco del Perú a partir de secuenciamiento NGS de pequeños RNA virales (siRNA). (ii) Identificar in silico la carga viral total (virus conocidos y desconocidos a la fecha, o sus variantes) en las muestras de vid mediante análisis bioinformático de los datos NGS obtenidos. (iii) Validar la información genómica obtenida para el diagnóstico fitosanitario de muestras infectadas. Como resultado se espera determinar la diversidad y distribución de virus presentes en distintas regiones productoras de vid, lo cual servirá como herramienta de base para el desarrollo posterior de nuevos métodos rápidos de detección molecular de enfermedades virales en este cultivo. El impacto se reflejará en un mejor control fitosanitario de enfermedades virales establecidas, emergentes y exóticas, lo cual permitirá una respuesta integral rápida y fiable a los riesgos que enfrenta el cultivo de vid en el Perú ante el calentamiento global.