Panplastoma de Oxalis tuberosa: Diversidad y divergencia genética del tubérculo andino

El estudio de los planpastomas se convierte en una herramienta que ayuda en el análisis de la divergencia inter e intraespecífica. Así como, para el estudio a nivel de genética de poblaciones, esto se debe a que el genoma cloroplastidial presenta una sola copia, baja tasa de sustituciones y ausencia de recombinación. Oxalis tuberosa Mol. (Oxalidaceae) es un tubérculo originario del Perú con una amplia distribución en la sierra andina, utilizada ampliamente por conocimiento tradicional en el arte culinario como en la salud. Sin embargo, no cuenta con estudios a nivel genómico e inclusive no cuenta con ningún plastoma ensamblado a la fecha. La variedad "oca amarilla" se ha constituido como la única que ha logrado ingresar al comercial local; sin embargo, esta misma varia en dimensiones, dulzura, entre otros aspectos; lo que amerita un estudio que nos permita asegurar que estas diferencias son ambientales o en su defecto genómicas. En el presente trabajo, se desea llevar a cabo el ensamblaje de novo del panplastoma abarcando entre 8 a 10 variedades correspondientes a la macrorregión norandina del Perú. El estudio de los genomas ensamblados incluyendo los haplotipo permitirá conocer la estructura y arreglo de los genomas de las diferentes poblaciones. La historia evolutiva estudiada mediante análisis filogenéticos permite establecer asociaciones con las diferentes poblaciones en función a la distribución geográfica. La investigación se centra en la obtención y caracterización de tubérculos de Oxalis tuberosa “oca amarilla” recolectados en la región norandina del Perú, los cuales serán identificados en el Herbario Truxillense y caracterizados fenotípicamente siguiendo descriptores internacionales del IPGRI y CIP. A partir de plantas cultivadas en parcelas experimentales se extraerá ADN cloroplastidial de hojas jóvenes mediante el protocolo “High salt pH Low”, verificando su calidad e integridad antes del secuenciamiento con Illumina Novaseq 6000. Los datos obtenidos se procesarán con FastQC y Trimmomatic, ensamblándose los plastomas con SPAdes y GetOrganelle, y verificándose con QUAST, Bandage e IRscope. La anotación se realizará con GeSeq y tRNA scan-SE, complementada con análisis funcional en KEGG y UniProt, y visualización con OGDraw. Posteriormente, se efectuarán análisis comparativos, diversidad genética, filogenia, estructura poblacional y estimación de tiempos de divergencia mediante diversas herramientas bioinformáticas, integrando así la caracterización morfológica y molecular para comprender la variabilidad y relaciones evolutivas de Oxalis tuberosa. Los análisis estadísticos permitirán establecer la estructura de las poblaciones, luego se procederá a identificar los genes mediante el proceso de anotación de los genomas. Finalmente, se obtendrá el primer panplastoma de O. tuberosa que servirá de base para diseñar planes de conservación para poblaciones marginales que pueden ser únicas con propiedades etnobotánicas que las vuelven realmente valiosas.