Resolución genómica de bacterias probióticas multicepa: diversidad funcional y arquitectura genómica desde un enfoque evolutivo y comparativo.

Las bacterias probióticas representan un sistema modelo para estudiar principios fundamentales de evolución bacteriana, plasticidad genómica y dinámica de transferencia horizontal. Esta propuesta realizará un análisis genómico comparativo en un panel híbrido compuesto por 24 genomas secuenciados por Illumina y PacBio a partir de cepas probióticas comerciales (de uso humano y veterinario) y un conjunto complementario de genomas públicos de referencia. Se investigará la arquitectura del genoma, el pangenoma (“core cromosomal” y accesorios) y la diversidad de elementos genéticos móviles (plásmidos, transposones, secuencias de inserción e islas genómicas), integrando filogenómica y análisis de co-ocurrencia para separar efectos de linaje versus transferencia horizontal. Asimismo, se caracterizarán repertorios de genes asociados a adaptación e interacción microbiana, metabolismo y determinantes de resistencia como rasgos evolutivos (intrínsecos vs adquiridos). No se considerarán enfoques clínicos o de evaluación regulatoria. Se espera generar un marco comparativo robusto que explique patrones de conservación y variación genómica en linajes probióticos ampliamente utilizados, aportando a la ciencia básica en genómica microbiana y evolución.