Caracterización Filogenómica, detección genética de virulencia y resistencia antimicrobiana de Escherichia coli causantes de brotes entéricos y enfermedad de los Edemas en cerdos de Granjas de Lima

Escherichia coli, es una bacteria comensal y parte de la microbiota intestinal del hombre y animales. Sin embargo, la adquisición de genes de virulencia y resistencia a los antibióticos producen infecciones intestinales y sistémicas con difícil éxito terapéutico. En la producción porcina mundial y en nuestro país, Escherichia coli disminuye la productividad produciendo altas tasas de morbilidad y mortalidad, especialmente en animales jóvenes y conforman una de las principales Enfermedades de transmisión alimentaria (ETA). Por ello, el presente proyecto tiene como objetivo la determinación de genes de virulencia, de resistencia a los antibióticos en aislados de Escherichia coli de porcinos, y posteriormente analizar el origen y su relación filogenética con cepas reportadas en otras especies y en casos clínicos de humanos. Para ello, se utilizarán más de los 125 aislados de E coli obtenidos de diferentes granjas porcinas de lima a partir de casos de diarreas y enfermedad de los edemas. Mediante PCR múltiple se determinaran los genes de virulencia (eae, bfp, Lt, Stx1, Stx2, sta, stab y lt y F4, F5, F6, F17, F41) y los genes de resistencia los principales grupos de antibióticos y de mayor importancia en la industria porcina: tetraciclinas (tetA, tetB, and tetC), sulfonamidas (sul1, sul2, and sul3), streptomicina-spectinomicina (strA/strB, aadA), y apramicina (aac(3)IV), para finalmente secuenciar el genoma completo de 05 cepas Multidrogoresistente usando la plataforma Illumina, Los genes de resistencia y sus contextos (elementos móbiles) se detectarán utilizando el anotador de resistencia a múltiples antibióticos (MARA) y se obtendrá un árbol filogenético. Los resultados permitirán reconocer los patotipos circulantes y sus características que permitirán establecer estrategias preventivas y de control, como protocolos terapéuticos y vacunas específicas que permitan reducir la incidencia y diseminación de la enfermeda, y aporta información importante para la salud pública en la lucha contra la Resistencia bacteriana a los antibióticos.