Análisis Metabarcoding Comparativo del Microbioma Bacteriano Intestinal en Cuy Silvestre y Doméstico.

El Perú es líder mundial en la producción de cuyes, actividad que constituye una fuente esencial de ingresos para más de 800,000 familias altoandinas. Sin embargo, la crianza del cuy doméstico (Cavia porcellus) enfrenta serias limitaciones productivas: altas tasas de mortalidad, problemas gastrointestinales y baja eficiencia alimenticia, acentuadas por el uso indiscriminado de antibióticos. En contraste, el cuy silvestre (Cavia tschudii) exhibe una microbiota intestinal más diversa y robusta, producto de su dieta en base a forrajes nativos y su adaptación a condiciones ambientales adversas. El desconocimiento de la composición y función del microbioma intestinal en ambas especies limita la adopción de estrategias sostenibles para mejorar la productividad del cuy doméstico. El presente estudio es de tipo experimental e implica la colecta de muestras de campo y la obtención de ADN para su secuenciamiento NGS. Se plantea como hipótesis que el análisis metabarcoding comparativo del microbioma intestinal entre el cuy silvestre (Cavia tschudii) y el cuy doméstico (Cavia porcellus) estará influenciado significativamente por factores como la composición del calostro, los tipos de forrajes nativos disponibles, la edad y el sexo de los animales; y que estas variables condicionan la estructura, diversidad y funcionalidad del microbiota intestinal, impactando tanto en la capacidad adaptativa del cuy silvestre como en el rendimiento productivo del cuy doméstico bajo distintas condiciones de crianza en Perú. El objetivo general es analizar y comparar la diversidad microbiana intestinal entre cuyes silvestres y domésticos mediante análisis metabarcoding dirigido al gen 16S ARNr. Se espera obtener perfiles microbianos intestinales completos del microbioma intestinal tanto en cuyes domésticos como en cuyes silvestres; al menos un microbioma cultivable y un microbioma no cultivable identificados, diferenciando bacterias benéficas y patógenos del cuy; y caracterizar la diversidad bacteriana alfa y beta. Como impacto, se espera que la investigación contribuya significativamente al entendimiento de las interacciones microbiota-huésped, con aplicaciones prácticas en salud animal, crianza sostenible y biotecnología veterinaria. De la misma manera, la ejecución de este proyecto permitirá generar un artículo científico original aceptado para publicación en revistas indizadas en Scopus o WoS en Q3 o preferentemente revistas de acceso abierto en Q1 o Q2, una tesis finalizada de pregrado sustentada, una ponencia o presentación de póster en congreso de alcance nacional y una conferencia de difusión de resultados para el público en general.