Viroma de cultivos andinos importantes en la región Amazonas mediante secuenciación de tercera generación basado en nanoporos

La región Andina alberga diversos cultivos importantes para la agricultura y para la seguridad alimentaria, como la papa, maíz y diversas leguminosas. Estos cultivos son afectados por diversos virus fitopatógenos que limitan el rendimiento, ya que ocasionan alteraciones bioquímicas y fisiológicas, poniendo en peligro la seguridad alimentaria de las comunidades andinas. De acuerdo con lo anterior, nuestra hipótesis es: Existe variabilidad en la secuencia genómica de los virus conocidos y aun no conocidos que infectan al cultivo de papa, maíz y frijol cultivados en la región Amazonas. El objetivo general de nuestra propuesta es generar el viroma del cultivo de la papa, el maíz y el frijol, mediante la secuenciación de tercera generación basado en nanoporos. Para cumplir con este objetivo, nuestra propuesta pretende: (a) Obtener las secuencias genómicas de los virus que infectan al cultivo de papa, maíz y frijol de la región Amazonas; (b) Identificar los virus conocidos, desconocidos y sus variantes genómicas en el cultivo de papa, maíz y frijol de la región Amazonas; y (c) Crear una base de datos con las secuencias genómicas de los virus que infectan a los cultivos mencionados de la región Amazonas en una plataforma web interactiva con acceso público. Para obtener la secuencia genómica de los virus, se colectarán muestras de hojas con síntomas de virus ubicadas en campos de cultivo de zonas representativas de Amazonas, posteriormente serán extraídos los ácidos nucleicos virales, los cuales serán secuenciadas y ensambladas en un proceso de análisis bioinformático, para así reconstruir el genoma de los virus. Los resultados de esta investigación incluyen las secuencias genómicas y la identificación de los virus que actualmente están infectando a los cultivos seleccionados, incluyendo virus nuevos, sus variantes genómicas, así como su estructura genómica. Esta información será presentada en una plataforma web de acceso público que permitirá conocer la prevalencia del virus y entender su variabilidad genética. Esta investigación tendrá un impacto tecnológico en el diseño de estrategias de manejo de las enfermedades virales. Socialmente ayudará a fortalecer la seguridad alimentaria de las comunidades andinas. Económicamente, a largo plazo, ayudará a aumentar los rendimientos de los cultivos. Adicionalmente, esta investigación impactará en la capacitación de jóvenes investigadores en la diagnosis de enfermedades virales de plantas y en el uso de herramientas de bioinformática además de la publicación de artículos científicos de alto impacto.