Ensamblaje de alta calidad del primer genoma del caballo peruano de paso (Equus Caballus) usando secuenciación PacBio y tecnología Hi-C

Desde su domesticación, el caballo se ha utilizado en el Perú para actividades en la agricultura, el deporte, el transporte, entre otros. Contar a la fecha con estos tipos de caballos fue posible debido al trabajo de mejoramiento genético realizado por ganaderos Peruanos. El caballo peruano de paso (CPP) es una raza oriunda del Perú, importante social y económicamente, y es catalogado como producto bandera. Sin embargo, es muy poco lo que se conoce de su genética, limitando así el desarrollo, mediante un programa de mejoramiento genético, de nuevos individuos con rasgos específicos, como la apariencia, la resistencia, la fuerza y la forma de andar, tal como se ha venido realizando en el sector de vacunos lecheros, cárnicos, y en otras especies de consumo humano masivo como el cerdo. Hoy en día es posible continuar realizando este trabajo empleando herramientas disponibles que permiten acelerar el proceso de mejora genética, permitiendo así obtener nuevos individuos de caballos con rasgos que favorezcan las diversas actividades del hombre. En la presente propuesta de investigación se busca generar información genética del CPP mediante el descifrado de su ADN completo (genoma). Para esto, se empleará por primera vez en el Perú, en favor del CPP, la plataforma de alta resolución llamada “PacBio” y tecnología “Hi-C” junto a la metodología conocida como "secuenciamiento de segunda generación" llamada "Illumina". Asimismo, se conocerá la expresión de los genes del CPP mediante el uso de la metodología conocida como “RNA-Seq”. La información obtenida permitirá conocer la cantidad de genes que posee el CPP así como la ubicación de estos. Además, con la información completa de su genoma, se podrán identificar determinados marcadores moleculares que se pueden usar para descifrar la diversidad genética del CPP y conocer cuántos tipos de CPP existen en el Perú. Por ejemplo, permitirá saber si los CPP que se crían en Lima son distintos o similares a los de Amazonas o La Libertar, y a la vez permitirá elucidar respecto al origen del CPP. También podremos sentar una base para hacer trabajos de selección de mejores individuos de CPP. Finalmente, el uso de las herramientas modernas propuestas en la presente propuesta de tesis de investigación permitirá que estas puedan ser transmitidas a otros estudiantes y así poder formar a una nueva generación de investigadores en el Perú que se enfoquen en el uso sostenible de los abundantes recursos biológicos que posee el Perú en favor de su mejoramiento genético para hacer frente a los retos que posee el hombre hoy (cambio climático, aumento de producción, otros) junto al establecimiento apropiado de su conservación.

SALDAÑA SERRANO ,CARLA LIZET