Plataforma in house de Secuenciamiento dirigido de Próxima Generación para la identificación de Micobacterias y predicción de resistencia en Mycobacterium tuberculosis a partir de muestras de esputo en el Perú

El Perú es el segundo país con mayor tasa de incidencia de tuberculosis (TB) en la región de las Américas, y es considerado como uno de los 30 países a nivel mundial con más alta carga de TB multidrogorresistente (TB-MDR). Según el último reporte mundial de TB, para el Perú se han estimado 52 mil casos de TB y 2800 casos de TB-MDR, lo cual dista con los números que a la fecha se vienen detectando programáticamente para el país, llegando a menos del 60% de detección para los casos de TB y a menos del 30% de detección para los casos de TB-MDR para el año 2022. El Laboratorio de Referencia Nacional de Micobacterias (LRNM) del Instituto Nacional de Salud es el único que realiza la detección de la TB extensamente drogorresistente (TB-XDR) mediante los procedimientos que tiene implementado, incluyendo aquellos que detectan resistencia a través del cultivo líquido; esto debido a que no se cuenta con ninguna prueba molecular rápida que evalúe la TB-XDR en la actualidad. En el año 2023 la OMS ha recomendado el uso del secuenciamiento dirigido de próxima generación en la búsqueda de marcadores de resistencia frente a diversas drogas antituberculosis. Así mismo, ha publicado la segunda edición del catálogo de mutaciones asociadas contra la resistencia en Mycobacterium tuberculosis. Es un estudio cualitativa, tipo descriptiva. Que constara de 3 etapas: Desarrollo y estandarización de un sistema de Secuenciamiento dirigido de Próxima Generación, Validación de método in house de Secuenciación dirigida y prueba piloto de uso de la plataforma de secuenciamiento dirigido basado en la tecnología Nanopore en condiciones de rutina. Planteando como objetivo general desarrollar una plataforma in house de Secuenciamiento dirigido de Próxima Generación que permita la identificación de micobacterias y determinación de la drogorresistencia en MTB a partir de muestras de esputo. Con objetivos especificos: - Desarrollar y estandarizar una prueba molecular in house de secuenciamiento dirigido de próxima generación, compatible con las tecnologías de Illumina y Nanopore, para la identificación de micobacterias, así como la detección de mutaciones asociadas a la resistencia en Mycobacterium tuberculosis frente a los fármacos que se usan en su tratamiento. - Validar la prueba diseñada in house de Secuenciamiento dirigido de Próxima Generación basada en las plataformas Illumina y Nanopore para la identificación de micobacterias y detección de mutaciones asociadas a resistencia en Mycobacterium tuberculosis en el Laboratorio de Referencia Nacional de Micobacterias del Instituto Nacional de Salud. - Realizar una prueba piloto de campo en un laboratorio referencial de la Red Nacional de Tuberculosis utilizando la prueba diseñada in house de Secuenciamiento dirigido de Próxima Generación mediante la tecnología portable de Nanopore para la identificación in situ de las micobacterias y marcadores de resistencia en Mycobacterium tuberculosis frente a fármacos anti-TB a partir de muestras de esputo. Se buscará desarrollar y poner a punto un sistema de Secuenciamiento dirigido basado en tecnologías de segunda y tercera generación de secuenciación que permitirán por un lado la identificación de distintas especies micobacterianas utilizando la información nucleotídica del gen hsp65 y contrastando con bases de datos que contienen secuencias de ADN características de cada especie micobacteriana. Por otro lado el análisis en simultáneo de diversas regiones génicas asociadas con la drogorresistencia en especies del complejo Mycobacterium tuberculosis que se encuentren en las muestras de esputo. Así se conseguirá obtener resultados rápidos y confiables ya que no se requerirá el crecimiento de la micobacteria en medios de cultivo sólidos o líquidos. Se ha evidenciado un impacto positivo en la salud pública, con mejoras en la detección temprana de la TB una mayor precisión en el tratamiento y una disminución significativa en la carga de la enfermedad.