Dinámica de la microbiota asociada al fermento de café mediante la inoculación de un cultivo iniciador utilizando tecnología de secuenciación de segunda generación (NGS), metabarcoding, RT-PCR multiplex y ddPCR.

El café es el producto alimenticio más importante del mundo y ocupa el segundo lugar, después del petróleo, entre todos los productos básicos. Cerca de 60 países tropicales y subtropicales producen café de forma extensiva, siendo para algunos de ellos el principal producto agrícola de exportación. El café es el principal producto agrícola de exportación en el Perú. Un aproximado de 223 mil familias conducen 425 400 ha de café, localizadas en 15 regiones, 95 provincias y 450 distritos. Amazonas es el quinto departamento de mayor actividad cafetalera en el Perú, ya que el cultivo de café ocupa el 25% del área utilizada para la agricultura (42 744 hectáreas) y representa el sustento de más de 26 356 familias. Para poder consumir el café, éste tiene que pasar por un proceso previo, siendo uno de los más importantes el proceso de fermentación. En este proceso la pulpa y el mucílago que rodea las semillas se descomponen a través de la acción microbiana generando efecto sobre la calidad final del café al conferirle características especiales y valor agregado mejorando su sabor y aroma. Sin embargo la información sobre la dinámica microbiana en el fermento del café es escasa. Como una de las soluciones ante las pérdidas de calidad del café, por ende, pérdidas económicas para los caficultores, están los cultivos iniciadores. Los cultivos iniciadores contienen determinados microorganismos cuya función es mejorar, estabilizar, y acelerar el proceso de fermentación. Aunque es una actividad que aún se encuentra en fases iniciales, presenta muy buenas proyecciones, tal como se demostró en el proyecto METACAFÉ : “Elaboración de cultivos iniciadores de fermentación de café (Coffea arabica) a partir del secuenciamiento metagenómico de comunidades microbianas presentes en la fermentación espontánea de cafés especiales de la Región Amazonas, Perú” con contrato N° 30-2018- FONDECYT-BM-IADT-MU, en el que se elaboró y evaluó un cultivo iniciador para la mejora de cafés especiales de Amazonas. Sin embargo, aún existen vacíos de conocimiento científico sobre esta importante herramienta molecular sostenible. El objetivo de este proyecto es evaluar la dinámica de la microbiota asociada al fermento de café tras la inoculación de un cultivo iniciador utilizando tecnología de secuenciación de segunda generación (NGS), metabarcoding, RT-PCR multiplex y ddPCR, para ellos se cumplirá con los objetivos: 1. Secuenciar el genoma parcial de alguno de los microorganismos que conforman el cultivo iniciador formulado mediante evaluaciones previas; 2. Evaluar la dinámica de la microbiota asociada al fermento del café antes y después de la inoculación de un cultivo iniciador mediante la técnica de metabarcoding y 3. Cuantificar la expresión de la microbiota asociada al fermento del café tras la inoculación de un cultivo iniciador mediante la técnica de RT-PCR multiplex y ddPCR. De esta forma, se eliminará el vacío científico sobre los cultivos iniciadores en la región, abriendo la posibilidad de su uso óptimo para el desarrollo sostenible del sector cafetalero del Perú.